Abnormálne viskózny hlien, nepretržite sa tvoriaci v respiračnom trakte  CF pacientov, je ideálnou živnou pôdou pre mikroorganizmy spôsobujúce recidivujúce infekcie a chronické zápaly. Antibiotická liečba je najdôležitejším pilierom liečby CF nakoľko práve chronické progresívne bronchopulmonálne infekcie sú hlavnou príčinou zvýšenej mortality a morbidity CF pacientov.

K antibiotickej liečbe CF pacientov existujú dva základne prístupy:

a) aplikácia antibiotík len pri klinických prejavoch infekcie

b) profylaktické podávanie antibiotík.

Je nevyhnutné, aby sa antibiotiká (ATB) podávali  CF pacientom vždy v dostatočne vysokej dávke a dostatočne dlhý čas – minimálne štrnásť dní .

Antibiotiká sa CF pacientom podávajú buď  perorálne (najmä antistafylokokové ATB a ciprofloxacin) alebo intravenózne. Pri intravenóznej aplikácii sa zvyčajne podáva minimálne dvojkombinácia ATB podľa indikovanej citlivosti. Intravenózne je možné antibiotiká podávať CF pacientom nielen počas ich hospitalizácie, ale aj ambulantne prípadne v domácom prostredí prostredníctvom pracovníkov agentúr domácej ošetrovateľskej služby. Treťou možnosťou antibiotickej liečby CF pacientov je inhalačná forma. Na inhalovanie sa v súčasnosti používa inhalačná forma tobramycinu – TOBI, colimycin alebo gentamycin.

CF pacienti sú najčastejšie kolonizovaní nasledovnými mikrooranizmami: Haemophillus influenzae, Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, Burkholdéria cepaci a Stenotrophomonas maltophilia. Kolonizáciu respiračného traktu   CF pacientov je potrebné pravidelne jedenkrát mesačne kontrolovať prostredníctvom mikrobiologického vyšetrenia spúta alebo výteru z hrdla a nosa.

 Staphylococcus aureus: ako prevencia stafylokokovej infekcie sa odporúča  podávať pacientom antistafylokokové ATB kontinuálne od stanovenia diagnózy CF aspoň po dobu jedného roka. Neskôr sa lieči každý akútny prejav stafylokokovej infekcie podľa individuálnych potrieb pacienta.

Pseudomonas aeruginosa:  v prípade prvého záchytu P. aeruginosa je reálna možnosť eradikovať ho súčasným podávaním colistinu alebo tobramycinu inhalačne po dobu troch mesiacov a ciprofloxacinu per os po dobu troch týždňov.

V prípade chronickej infekcie sa P. aeruginosa už nedá antibiotickou liečbou eradikovať, avšak po ATB liečbe sa zvyčajne darí zlepšiť klinický stav CF pacienta a znížiť množstvo baktérií. Osvedčilo sa pravidelné intravenózne podávanie dvojkombinácie ATB  každé tri mesiace počas štrnástich dní.

Burkholdéria cepacia:  pri prvom záchyte je možné pokúsiť sa o intenzívnou intravenóznou liečbou dvojkombináciou vhodných antibiotík. Chronická infekcia sa nedá eradikovať prostredníctvom antibiotickej liečby a neodporúča sa ani pravidelné preventívne podávanie ATB. Pri prvých prejavoch zhoršenia respiračných funkcií oproti stavu bežnému u daného CF pacienta sa podáva intravenózne trojkombinácia  antibiotík.

Okrem antibiotickej liečby je súčasťou liečby chronickej infekcie a zápalu u CF pacientov protizápalová liečba, kde sa používajú predovšetkým makrolidy a nesteroidné antireumatiká, v prípade potreby krátkodobo aj inhalačné kortikoidy.